Poli Bedah Anak  merupakan salah satu poliklinik yang terdapat di RSUD Tarakan yang menerima konsultasi seputar permasalah bayi dan anak yang nantinya membutuhkan tindakan pembedahan. RSDU Tarakan memiliki Dokter Spesialis Bedah Anak yang berpengalaman dibidang nya. Bedah anak berkembang pada pertengahan abad ke-20 sebagai perawatan bedah untuk cacat bawaan yang memerlukan teknik dan metode khusus.

Penyakit anak yang umum yang perlu pembedahan termasuk:

• Cacat bawaan organ dalam: higroma kistik, atresia esofagus dan fistula trakeoesofagus, stenosis pyloricum hipertrofi, atresi usus, nekrosis enterokolitis, penyakit Hirschsprung, imperforasi anus, testis yang tak menurun
• Defek dinding abdomen: omfalosel, gastroskisis, hernia
• Cacat dinding dada
• Tumor anak: seperti neuroblastoma, tumor Wilms, rhabdomiosarkoma, ATRT, tumor hati, teratoma